A Escola São Francisco de Assis (ESFA) é um marco na educação de Pelotas, com uma trajetória que se inicia em 06 de fevereiro de 1889. Fundada a pedido das famílias pelotenses, que reconheceram a excelência das Irmãs Franciscanas na educação das meninas órfãs, a escola nasceu anexa ao Asilo de Orphãs N. Sª. da Conceição, expandindo-se para incluir também meninos em sua missão educativa.
Desde o início, a ESFA se manteve fiel aos princípios cristãos, dedicando-se à formação integral do ser humano. Com uma abordagem educativa que valoriza a formação humana, cultural, científica, social e cristã, a escola tem sido berço de profissionais competentes, éticos e comprometidos, que hoje atuam em diversos setores do mercado de trabalho.
Desenvolver educação integral inspirada nos princípios e valores franciscanos na formação de cidadãos comprometidos com o cuidado da vida.
Os valores que norteiam a proposta franciscana de educação da Rede SCALIFRA-ZN, estão expressos como ideários. Nessa proposta, o ideal almejado serve como estímulo à compreensão de que o ser humano é capaz de, pelo processo educativo, aprender a pensar, a conhecer, a fazer escolhas, a elaborar o saber vinculado à prática, entre outros.
Os princípios constituem fundamentos, que dão aporte à ação e orientam os integrantes da nossa comunidade educativa.
Ao longo dos anos, a ESFA cresceu e se adaptou às necessidades da comunidade, resultando na construção de sua sede própria. Em 05 de janeiro de 2004, iniciou-se a construção do novo prédio, que foi inaugurado em 05 de fevereiro de 2005, marcando uma nova era na Rua Almirante Barroso, 1692.