Em Pelotas, a Escola São Francisco de Assis nasceu em 06 de fevereiro de 1889. As famílias pelotenses, entusiasmadas com a capacidade de administração e trabalho educativo das Irmãs Franciscanas junto às meninas órfãs, pediram, também, para seus filhos uma escola religiosa, anexa ao Asilo de Orphãs N. Sª. da Conceição.
Desse modo, na sua caminhada histórica, a ESFA permaneceu aberta, atenta aos desafios e aos apelos da sociedade, buscando concretizar seus ideais através de uma educação ancorada nos princípios cristãos que valoriza o ser humano na sua integralidade.
Desenvolver educação integral inspirada nos princípios e valores franciscanos na formação de cidadãos comprometidos com o cuidado da vida.
Os valores que norteiam a proposta franciscana de educação da Rede SCALIFRA-ZN, estão expressos como ideários. Nessa proposta, o ideal almejado serve como estímulo à compreensão de que o ser humano é capaz de, pelo processo educativo, aprender a pensar, a conhecer, a fazer escolhas, a elaborar o saber vinculado à prática, entre outros.
Os princípios constituem fundamentos, que dão aporte à ação e orientam os integrantes da nossa comunidade educativa.
A formação humana, cultural, científica, social e cristã que embasou o desenvolvimento de seus alunos, contribuiu para a formação de profissionais competentes, responsáveis, éticos e comprometidos, que, no momento presente, atuam nos mais diferentes setores do mercado de trabalho.
O tempo foi passando, e a ESFA foi crescendo. Por isso, a necessidade de novos espaços fez com que, aos poucos, marcasse, ainda mais, a história de Pelotas, através da aquisição da sede própria.
Em 05 de janeiro de 2004, iniciou-se a construção do novo prédio. Em 05 de fevereiro de 2005, houve a inauguração da sede, com mudança de endereço para a Rua Almirante Barroso, 1692.
Atualmente, a Escola São Francisco de Assis empenha-se na formação da cidadania, fundamentada no respeito mútuo, no diálogo e na solidariedade.
Em virtude disso, desde 2020, a ESFA possui parceria com a Google For Education, visando ao melhor desempenho dos seus estudantes.